1.
Apa yang kalian ketahui tentang parallel processing?
Jawab :
Pemrosesan paralel (parallel processing)
adalah penggunakan lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara
simultan. Idealnya, parallel processing membuat program
berjalan lebih cepat karena semakin banyak CPU yang digunakan. Komputasi paralel adalah salah satu teknik
melakukan komputasi secara bersamaan dengan memanfaatkan beberapa komputer
secara bersamaan. Biasanya diperlukan saat kapasitas yang
diperlukan sangat besar, baik karena harus mengolah data dalam jumlah besar
ataupun karena tuntutan proses komputasi yang banyak.
2.
Jelaskan hubungan parallel dengan processing!
Jawab :
Peningkatan kinerja atau proses komputasi
semakin diterapkan, dan salah satu caranya adalah dengan meningkatkan kecepatan
perangkat keras. Dimana komponen utama dalam perangkat keras komputer adalah
processor. Sedangkan parallel processing adalah penggunaan beberapa processor
(multiprocessor atau arsitektur komputer dengan banyak processor) agar kinerja
computer semakin cepat.
3.
Apa yang kalian ketahui tentang bioinformatika?
Jawab :
Bioinformatika kajian ilmu yang memadukan disiplin
biologi molekul, matematika dan teknik informasi (TI). Ilmu ini didefinisikan
sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan
menginterpretasikan data-data biologi molekul. Pada saat ini, Bioinformatika
ini mempunyai peranan yang sangat penting, diantaranya adalah untuk manajemen
data-data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi genetika.
4.
Apa yang kalian ketahui tentang sejarah bioinformatika penerapan utama
bioinformatika?
Jawab :
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan
pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan computer dalam biologi.
Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika(seperti pembuatan
basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah
dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molecular dalam
mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam
nukleat(sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis
sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun
1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada
akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology
Laboratory , Laboratorium Biologi Molekular Eropa).Penemuan teknik sekuensing
DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan
jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi
salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan
kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan
lahirnya bioinformatika. Basis data sekuens biologis dapat berupa basis data
primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data
sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk
menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk
asam nukleat adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ (Jepang).
Ketiga basis data tersebut bekerjasama dan bertukar data secara harian untuk
menjaga keleluasaan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens
asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing
genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam
basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam
nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan
pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.Contoh beberapa
basis data penting yang menyimpan sekuens primer adalah PIR (Protein
Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa).
Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt yang didanai
terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang
sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan
komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang
berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST
pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat
maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini
berguna untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk
memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil
sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran
sekuens.PDB (Protein Data Bank) adalah basis data tunggal yang menyimpan model
struktural 3D protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental dengan
kristalografi sinar X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron. PDB menyimpan
data struktur sebagai koordinat 3D yang menggambarkan posisi atom-atom dalam
protein maupun asam nukleat.
5.
Bagaimana trend bioinformatika di dunia?
Jawab :
Ledakan data/informasi biologi itu yang
mendorong lahirnya Bioinformatika. Karena Bioinformatika adalah bidang yang
relatif baru, masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Komputer sudah
lama digunakan untuk menganalisa data biologi, misalnya terhadap data-data
kristalografi sinar X dan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam melakukan
penghitungan transformasi Fourier, dsb. Bidang ini disebut sebagai Biologi
Komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan,
menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA maupun
protein tadi. Untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan (misalnya
Applied Bioinformatics), atau berubah nama seperti Computer Applications in the
Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic yang menjadi official journal dari
International Society for Computational Biology (ICSB) (nama himpunan tidak
ikut berubah). Beberapa topik utama dalam Bioinformatika dijelaskan di bawah
ini.
Keberadaan database adalah syarat utama
dalam analisa Bioinformatika. Database informasi dasar telah tersedia saat ini.
Untuk database DNA yang utama adalah GenBank di AS. Sementara itu bagi protein,
databasenya dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya
dan di Protein Data Bank (PDB) (AS) untuk struktur 3D-nya. Data yang berada
dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang biasanya dikoleksi secara
sukarela oleh para peneliti, namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi
dana penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database. Trend yang ada dalam
pembuatan database saat ini adalah isinya yang makin spesialis. Misalnya untuk
protein struktur, ada SCOP dan CATH yang mengklasifikasikan protein berdasarkan
struktur 3D-nya, selain itu ada pula PROSITE, Blocks, dll yang berdasar pada
motif struktur sekunder protein.
6.
Sebutkan basis data sekuent biologis dan penyejajaran sekuent!
Jawab :
Basis data utama untuk sekuens asam nukleat
saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(Inggris) (DNA
Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan
bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis
data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari
periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain
berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat
umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama
organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan
sekuens asam nukleat tersebut.
Sementara itu, contoh beberapa basis data
penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information
Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga
basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh
Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens
protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar
yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis
data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens
memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang
mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk
menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan
hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma
yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein)
adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein
dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X,
spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai
koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein
ataupun asam nukleat.
Source :
http://id.shvoong.com/internet-and-technologies/universities-research-institutions/2159327-parallel-processing/#ixzz1qmtgdvwh
http://coretanmuvi.blogspot.com/2012/03/paralel-processing.html
http://rzbeuty.blogspot.com/2012/03/komputasi-modern-parallel-processing.html
http://bagusonthespot.blogspot.com/2012/04/parallel-processing.html
http://andretobb.wordpress.com/
http://ghani.gxrg.org/2011/04/01/kinerja-komputasi-dengan-parallel-processing/
http://vanish73.wordpress.com/2010/02/18/komputasi/
http://hikarunamie.wordpress.com/2011/06/03/penjelasan-singkat-komputasi-modern/
